Merkezin yönetim organları, yönetmeliğin 7 nci maddesi uyarınca Müdür, Yönetim Kurulu ve Danışma Kuruludur.
| Organ | Oluşumu | Görev süresi | Toplanma |
|---|---|---|---|
| Müdür | Merkezin çalışma alanlarında çalışmaları bulunan öğretim elemanları arasından Rektör tarafından görevlendirilir | Üç yıl | — |
| Müdür Yardımcıları | Öğretim elemanları arasından Müdür tarafından görevlendirilen iki kişi | Müdürün görev süresiyle sınırlı | — |
| Yönetim Kurulu | Müdür, müdür yardımcıları ve Rektör tarafından görevlendirilen üyelerle birlikte toplam beş üye | Üç yıl | Yılda en az iki kez |
| Danışma Kurulu | Müdürün önerisi ve Rektörün onayıyla belirlenen beş kişi | Üç yıl | Yılda en az bir kez |